Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A4P53420 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms