Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms