Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP28Q96RU2 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.9 ms