Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP47Q96K76 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP47Q96K76 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP47Q96K76 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC29.01■■■□□ 2.24
USP47Q96K76 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP47Q96K76 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms