Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP54Q70EL1 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms