Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CHD3Q12873 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
CHD3Q12873 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms