Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SOX4Q06945 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SOX4Q06945 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms