Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL4A4P53420 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms