Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HOXC9P31274 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
HOXC9P31274 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms