Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC28.43■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
NPHP3Q7Z494 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.5 ms