Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 KIFC1-214ENST00000494554 631 ntTSL 216.31■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.327e-85■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SNHG10-203ENST00000554169 981 ntTSL 211.9□□□□□ -0.57e-85■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SNHG10-202ENST00000553559 428 ntTSL 311.89□□□□□ -0.517e-85■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SNHG10-204ENST00000555866 221 ntTSL 210.54□□□□□ -0.727e-85■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SCARNA13-201ENST00000516672 275 ntBASIC2.85□□□□□ -1.957e-85■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.241e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.031e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.771e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.311e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.221e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-203ENST00000395248 2447 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.141e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.131e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.021e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-209ENST00000563060 1550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.021e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-211ENST00000564521 2534 ntTSL 514.37□□□□□ -0.111e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-213ENST00000564595 1663 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-202ENST00000395240 1447 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.281e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 ALDOA-204ENST00000412304 1603 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.291e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SMARCC1-205ENST00000483847 804 ntTSL 28.64□□□□□ -1.035e-7■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.027e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-226ENST00000631619 2457 ntTSL 519.14■□□□□ 0.657e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.27e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-212ENST00000470121 1889 ntTSL 1 (best)14.2□□□□□ -0.147e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-216ENST00000475298 2362 ntTSL 1 (best)14.03□□□□□ -0.167e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-219ENST00000477127 1464 ntTSL 513.76□□□□□ -0.217e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-217ENST00000476367 1603 ntTSL 1 (best)13.5□□□□□ -0.257e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-215ENST00000474539 4799 ntTSL 1 (best)4.43□□□□□ -1.77e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-204ENST00000464316 3843 ntTSL 1 (best)4.19□□□□□ -1.747e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 CCNL1-221ENST00000479052 458 ntTSL 32.49□□□□□ -2.017e-12■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SETD6-208ENST00000463954 1261 ntTSL 210.39□□□□□ -0.754e-8■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.392e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.272e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 INPPL1-213ENST00000541756 4649 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 32.5
SF3A3Q12874 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.842e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.782e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 SGSM2-211ENST00000574563 3410 ntTSL 2 BASIC12.62□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 ANKRD54-207ENST00000434930 735 ntTSL 518.63■□□□□ 0.572e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 ANKRD54-205ENST00000413497 794 ntTSL 317.41■□□□□ 0.382e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 SPRED2-202ENST00000421087 701 ntTSL 316.71■□□□□ 0.272e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 SPRED2-207ENST00000452315 1365 ntTSL 1 (best)14.87□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 SPRED2-201ENST00000356388 4097 ntTSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 ANKRD54-206ENST00000424350 597 ntTSL 312.94□□□□□ -0.342e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 AXIN1-203ENST00000457798 334 ntTSL 311.2□□□□□ -0.622e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 SPRED2-208ENST00000474228 876 ntTSL 38.82□□□□□ -12e-6■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.74e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.524e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.394e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.374e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.284e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-218ENST00000566982 3024 ntTSL 216.52■□□□□ 0.234e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.154e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-208ENST00000542031 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.064e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-211ENST00000562556 4659 ntTSL 214.66□□□□□ -0.064e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 BCAR1-203ENST00000393422 4064 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.184e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.689e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.679e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.459e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 MCF2L-204ENST00000375608 3648 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.089e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 MCF2L-213ENST00000421756 3560 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.059e-7■■■■■ 32.4
SF3A3Q12874 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.131e-6■■■■■ 32.3
SF3A3Q12874 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.41e-6■■■■■ 32.3
SF3A3Q12874 GOLGA2-212ENST00000609374 2973 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.161e-6■■■■■ 32.3
SF3A3Q12874 GOLGA2-214ENST00000611957 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.381e-6■■■■■ 32.3
SF3A3Q12874 GOLGA2-201ENST00000421699 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.481e-6■■■■■ 32.3
SF3A3Q12874 MTHFD1-207ENST00000554677 783 ntTSL 310.3□□□□□ -0.762e-6■■■■■ 32.3
SF3A3Q12874 MTHFD1-214ENST00000556771 813 ntTSL 29.51□□□□□ -0.892e-6■■■■■ 32.3
SF3A3Q12874 AP3D1-208ENST00000590683 723 ntTSL 56.72□□□□□ -1.332e-7■■■■■ 32.3
SF3A3Q12874 GCLC-202ENST00000504353 597 ntTSL 39.89□□□□□ -0.838e-7■■■■■ 32.3
SF3A3Q12874 POLG-222ENST00000637264 3153 ntTSL 511.84□□□□□ -0.512e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 POLG-210ENST00000532363 445 ntTSL 210.43□□□□□ -0.742e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 HAUS4-209ENST00000554063 660 ntTSL 39.33□□□□□ -0.928e-9■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 VPS28-206ENST00000526734 570 ntTSL 218.09■□□□□ 0.491e-7■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 VPS28-211ENST00000530790 561 ntTSL 211.64□□□□□ -0.551e-7■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 HDAC4-208ENST00000463007 3158 ntTSL 1 (best)13.89□□□□□ -0.192e-8■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 PICK1-203ENST00000424694 954 ntTSL 315.39■□□□□ 0.051e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 PICK1-210ENST00000468288 569 ntTSL 413.66□□□□□ -0.221e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 PICK1-204ENST00000426258 555 ntTSL 413.19□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 PICK1-212ENST00000472724 555 ntTSL 512.83□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 PICK1-206ENST00000435166 559 ntTSL 410.72□□□□□ -0.691e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 PICK1-215ENST00000494434 559 ntTSL 410.21□□□□□ -0.771e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 PICK1-205ENST00000432756 582 ntTSL 57.52□□□□□ -1.211e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 CYB5R3-206ENST00000438270 675 ntTSL 312.21□□□□□ -0.451e-6■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 SERPINA1-204ENST00000402629 1450 ntTSL 1 (best) BASIC10.71□□□□□ -0.697e-17■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 PKD1P6-NPIPP1-201ENST00000340301 547 ntTSL 511.25□□□□□ -0.613e-11■■■■■ 32.2
SF3A3Q12874 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.563e-6■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.356e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.283e-6■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.016e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 TKFC-217ENST00000533393 597 ntTSL 521.09■□□□□ 0.976e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.96e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.872e-6■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.856e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.846e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 SUN2-208ENST00000438058 1012 ntTSL 320.21■□□□□ 0.832e-6■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 TKFC-211ENST00000529620 433 ntTSL 320.11■□□□□ 0.816e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 GOLGA7-207ENST00000523420 582 ntTSL 319.62■□□□□ 0.736e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 TKFC-212ENST00000530057 639 ntTSL 319.5■□□□□ 0.716e-9■■■■■ 32.1
SF3A3Q12874 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.686e-9■■■■■ 32.1
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