Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
HDAC4P56524 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HDAC4P56524 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms