Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
HOXC9P31274 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HOXC9P31274 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms