Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HOXD3P31249 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD3P31249 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms