Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
COL3A1P02461 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
COL3A1P02461 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL3A1P02461 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms