Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC36.3■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC36.3■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC36.27■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.27■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC36.27■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.27■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.27■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC36.24■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC36.22■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC36.22■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.22■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
CCDC88BA6NC98 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC36.21■■■■□ 3.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms