Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CHMP3Q9Y3E7 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.9 ms