Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LIMCH1Q9UPQ0 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMCH1Q9UPQ0 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms