Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
CCDC87Q9NVE4 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms