Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPC8

SIX2, Homeobox protein SIX2, humanhuman

Predictions only

Length 291 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX2Q9NPC8 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SIX2Q9NPC8 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SIX2Q9NPC8 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms