Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms