Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
ZNF541Q9H0D2 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
ZNF541Q9H0D2 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms