Protein–RNA interactions for Protein: Q96A33

CCDC47, Coiled-coil domain-containing protein 47, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC47Q96A33 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31
CCDC47Q96A33 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC47Q96A33 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms