Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP53Q70EK8 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms