Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms