Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
CLN3Q13286 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
CLN3Q13286 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms