Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
SCN1BQ07699 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms