Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC36.41■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC36.41■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC36.41■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.4■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC36.4■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC36.4■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC36.4■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC36.4■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.4■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC36.39■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC36.39■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
CCDC88BA6NC98 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC36.36■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.36■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.36■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC36.33■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC36.32■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
CCDC88BA6NC98 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.32■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC36.32■■■■□ 3.4
CCDC88BA6NC98 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms