Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

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Length 520 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP3Q9Y6I4 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP3Q9Y6I4 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
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