Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.76
CHMP3Q9Y3E7 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CHMP3Q9Y3E7 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.7 ms