Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS4AQ9UN37 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS4AQ9UN37 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms