Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCL28Q9NRJ3 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCL28Q9NRJ3 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms