Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCIF1Q9H4Z3 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PCIF1Q9H4Z3 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms