Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms