Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
USP53Q70EK8 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
USP53Q70EK8 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms