Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.992e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.872e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.862e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 NDOR1-206ENST00000613750 1151 ntTSL 312.66□□□□□ -0.382e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 SPATS2-214ENST00000549412 2781 ntTSL 222.07■■□□□ 1.122e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.992e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.872e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 PHF10-204ENST00000480008 4285 ntTSL 1 (best)18.74■□□□□ 0.592e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.322e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MTG1-207ENST00000495014 871 ntTSL 316.93■□□□□ 0.32e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.262e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.222e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 SPATS2-223ENST00000553127 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.132e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MTG1-208ENST00000498790 693 ntTSL 215.83■□□□□ 0.122e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 SPATS2-201ENST00000321898 3158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.12e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 TAF1-202ENST00000373775 2199 ntTSL 510.28□□□□□ -0.762e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 TAF1-205ENST00000437147 2295 ntTSL 1 (best)10.23□□□□□ -0.772e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 DCTN1-223ENST00000495643 673 ntTSL 39.65□□□□□ -0.862e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 TAF1-201ENST00000276072 5692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC8.96□□□□□ -0.982e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 TAF1-203ENST00000373790 7629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.71□□□□□ -1.022e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 TAF1-204ENST00000423759 7722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.38□□□□□ -1.072e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MKKS-201ENST00000347364 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.2□□□□□ -1.12e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 SPATS2-222ENST00000552918 2993 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.19□□□□□ -1.12e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 PDXDC1-201ENST00000325823 1113 ntTSL 5 BASIC7.61□□□□□ -1.192e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 PDXDC1-215ENST00000567306 980 ntTSL 57.34□□□□□ -1.232e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MKKS-202ENST00000399054 2663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.32□□□□□ -1.42e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MKKS-203ENST00000609375 882 ntTSL 2 BASIC5.83□□□□□ -1.482e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MBNL2-205ENST00000449284 581 ntTSL 25.65□□□□□ -1.52e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 SPATS2-221ENST00000552655 562 ntTSL 44.96□□□□□ -1.622e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MKKS-204ENST00000639674 192 ntBASIC4.76□□□□□ -1.652e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 PDXDC1-206ENST00000561930 568 ntTSL 44.58□□□□□ -1.682e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 SPATS2-220ENST00000552557 727 ntTSL 34.37□□□□□ -1.712e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 RNU6-16P-201ENST00000384385 107 ntBASIC3.14□□□□□ -1.912e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 TRIP10-213ENST00000601303 311 ntTSL 52.65□□□□□ -1.992e-10■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MICALL2-209ENST00000479007 1855 ntTSL 219.94■□□□□ 0.782e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 GPI-212ENST00000589985 1516 ntTSL 319.47■□□□□ 0.718e-8■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MICALL2-215ENST00000496184 2722 ntTSL 218.81■□□□□ 0.62e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 TPCN1-203ENST00000428632 2296 ntTSL 216.17■□□□□ 0.183e-7■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MICALL2-205ENST00000467783 639 ntTSL 316.16■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MPV17-222ENST00000621470 671 ntTSL 316.05■□□□□ 0.163e-7■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MICALL2-206ENST00000470807 668 ntTSL 315.41■□□□□ 0.062e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MPV17-223ENST00000622003 794 ntTSL 514.67□□□□□ -0.063e-7■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MICALL2-207ENST00000471899 899 ntTSL 213.86□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MPV17-217ENST00000616446 546 ntTSL 212.41□□□□□ -0.423e-7■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 MICALL2-214ENST00000493998 404 ntTSL 211.14□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.276e-8■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 ESRP2-201ENST00000251366 3228 ntTSL 1 (best)13.85□□□□□ -0.196e-8■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 ESRP2-210ENST00000565858 3386 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.01□□□□□ -0.336e-8■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.242e-8■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.062e-8■■■■■ 33.2
SF3A3Q12874 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.316e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.36e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.726e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 TBCD-222ENST00000576677 1926 ntTSL 1 (best)22.37■■□□□ 1.178e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 TBCD-226ENST00000577051 979 ntTSL 513.54□□□□□ -0.248e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 CACNA2D4-217ENST00000545595 1615 ntTSL 1 (best)15.76■□□□□ 0.117e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.237e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 CACNA2D4-205ENST00000536846 895 ntTSL 513.43□□□□□ -0.267e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 CACNA2D4-225ENST00000589502 680 ntTSL 313.3□□□□□ -0.287e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 DUS1L-205ENST00000577574 473 ntTSL 512.77□□□□□ -0.377e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 CACNA2D4-209ENST00000538450 1498 ntTSL 2 BASIC12.41□□□□□ -0.427e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 DUS1L-216ENST00000584871 676 ntTSL 212.06□□□□□ -0.487e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 CACNA2D4-207ENST00000537923 556 ntTSL 411.03□□□□□ -0.647e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 CACNA2D4-218ENST00000585385 976 ntTSL 510.21□□□□□ -0.777e-7■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.254e-8■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 HCFC1-202ENST00000369984 8375 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.194e-8■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 ATP13A1-214ENST00000497556 2442 ntTSL 215.11■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 33.1
SF3A3Q12874 MAN2C1-202ENST00000421803 1111 ntTSL 215.02■□□□□ -02e-7■■■■■ 33
SF3A3Q12874 ACTR1B-203ENST00000460427 730 ntTSL 217.7■□□□□ 0.422e-12■■■■■ 33
SF3A3Q12874 TMEM214-209ENST00000460904 506 ntTSL 39.31□□□□□ -0.921e-6■■■■■ 33
SF3A3Q12874 ATG16L1-217ENST00000492298 591 ntTSL 58.58□□□□□ -1.046e-17■■■■■ 33
SF3A3Q12874 POLR3E-218ENST00000569787 727 ntTSL 311.91□□□□□ -0.58e-7■■■■■ 33
SF3A3Q12874 KHSRP-205ENST00000595223 956 ntTSL 515.23■□□□□ 0.031e-6■■■■■ 33
SF3A3Q12874 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.422e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.122e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-214ENST00000574502 709 ntTSL 320.51■□□□□ 0.872e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 DHX34-204ENST00000486327 2897 ntTSL 520.36■□□□□ 0.855e-7■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.792e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 DHX34-202ENST00000460681 1838 ntTSL 518.95■□□□□ 0.625e-7■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.462e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-219ENST00000576235 991 ntTSL 515.36■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 DHX34-201ENST00000328771 4372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.44□□□□□ -0.15e-7■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-204ENST00000412477 1779 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.282e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-207ENST00000571206 1659 ntTSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-218ENST00000575877 1579 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.382e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ARRB2-208ENST00000571428 864 ntTSL 39.2□□□□□ -0.942e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 LRRC45-205ENST00000583302 1289 ntTSL 216.98■□□□□ 0.314e-7■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 CCDC57-202ENST00000389641 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -01e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 CCDC57-206ENST00000392347 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -01e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 CHKB-CPT1B-203ENST00000492556 4906 ntTSL 223.24■■□□□ 1.314e-7■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 SCARNA5-201ENST00000516201 276 ntBASIC6.14□□□□□ -1.431e-78■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 TRIP10-211ENST00000600491 1493 ntTSL 222.83■■□□□ 1.252e-6■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 ABCF1-206ENST00000479542 893 ntTSL 211.27□□□□□ -0.611e-13■■■■■ 32.9
SF3A3Q12874 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 13e-6■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 ARHGAP17-205ENST00000570841 571 ntTSL 38.67□□□□□ -1.021e-7■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.713e-11■■■■■ 32.8
SF3A3Q12874 VHL-203ENST00000477538 958 ntTSL 1 (best)15.36■□□□□ 0.053e-11■■■■■ 32.8
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