Protein–RNA interactions for Protein: P55072

VCP, Transitional endoplasmic reticulum ATPase, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 806 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCPP55072 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VCPP55072 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCPP55072 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VCPP55072 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VCPP55072 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCPP55072 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCPP55072 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCPP55072 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCPP55072 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCPP55072 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCPP55072 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCPP55072 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCPP55072 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCPP55072 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCPP55072 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCPP55072 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms