Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC35.32■■■■□ 3.25
CUX1P39880 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.25
CUX1P39880 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.25
CUX1P39880 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
CUX1P39880 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.25
CUX1P39880 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC35.32■■■■□ 3.24
CUX1P39880 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC35.32■■■■□ 3.24
CUX1P39880 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
CUX1P39880 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.24
CUX1P39880 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
CUX1P39880 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC35.32■■■■□ 3.24
CUX1P39880 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
CUX1P39880 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC35.32■■■■□ 3.24
CUX1P39880 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
CUX1P39880 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
CUX1P39880 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC35.31■■■■□ 3.24
CUX1P39880 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC35.31■■■■□ 3.24
CUX1P39880 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
CUX1P39880 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
CUX1P39880 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC35.31■■■■□ 3.24
CUX1P39880 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC35.31■■■■□ 3.24
CUX1P39880 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC35.31■■■■□ 3.24
CUX1P39880 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
CUX1P39880 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
CUX1P39880 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
CUX1P39880 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
CUX1P39880 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
CUX1P39880 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
CUX1P39880 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
CUX1P39880 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
CUX1P39880 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
CUX1P39880 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
CUX1P39880 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
CUX1P39880 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
CUX1P39880 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
CUX1P39880 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
CUX1P39880 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
CUX1P39880 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC35.28■■■■□ 3.24
CUX1P39880 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
CUX1P39880 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.24
CUX1P39880 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.26■■■■□ 3.24
CUX1P39880 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC35.26■■■■□ 3.24
CUX1P39880 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
CUX1P39880 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC35.26■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.23
CUX1P39880 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.23
CUX1P39880 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
CUX1P39880 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC35.26■■■■□ 3.23
CUX1P39880 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CUX1P39880 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms