Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL18A1P39060 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL18A1P39060 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms