Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SMARCA1P28370 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SMARCA1P28370 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms