Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMA1Q9UHB6 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMA1Q9UHB6 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms