Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
TRERF1Q96PN7 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TRERF1Q96PN7 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms