Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC40Q4G0X9 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC40Q4G0X9 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC40Q4G0X9 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC40Q4G0X9 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC40Q4G0X9 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC40Q4G0X9 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms