Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SF3A1Q15459 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SF3A1Q15459 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SF3A1Q15459 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SF3A1Q15459 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms