Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
MSX1P28360 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
MSX1P28360 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
MSX1P28360 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
MSX1P28360 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
MSX1P28360 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
MSX1P28360 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
MSX1P28360 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
MSX1P28360 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
MSX1P28360 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
MSX1P28360 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
MSX1P28360 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
MSX1P28360 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms