Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
HOXD9P28356 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXD9P28356 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
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