Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
SMKR1H3BMG3 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms