Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP3Q9Y3E7 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CHMP3Q9Y3E7 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CHMP3Q9Y3E7 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms