Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM35Q9UPQ4 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM35Q9UPQ4 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRIM35Q9UPQ4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRIM35Q9UPQ4 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM35Q9UPQ4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms