Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
LIMCH1Q9UPQ0 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms